پاسخ به نقدهايي به «بازگشت به سنت بنيانگذار» (۵)
دولت نيست؛ يعني نمي‌خواهد برود در كاخ نخست وزيري بنشيند و كارهاي نخست وزيري را بكند. غير دولت نيست، براي اينكه نخست وزير اگر پايش را كنار بگذارد، اين جلويش را مي‌گيرد، مي‌تواند بگيرد، بنابر اين، نقش دارد و نقش ندارد.» (صحيفه نور، ج 11، ص 134) اما تحولات بعدي، ضرورت حضور فعال‌تر روحانيون را در بخش‌هاي مختلف حكومت نشان داد. امام در بيان علت حضور روحانيون در مناصب حكومتي فرمود: «ما تجربه كرديم و ديديم اشخاصي كه در راس واقع شدند و از روحانيون نبودند، در عين حالي كه بعضي‌شان هم متدين بودند، از باب اينكه آن راهي كه ما مي‌خواهيم برويم...با سليقه آنها موافق نبود...ما آن روز خيال مي‌كرديم كه در اين قشرهاي تحصيلكرده و متدين و صاحب افكار، افرادي هستند كه بتوانند اين مملكت را به آن جوري كه خدا مي‌خواهد، ببرند؛ آن‌طور اداره كنند. وقتي ديديم كه نه، ما اشتباه كرديم.» (صحيفه نور، ج 16، ص 211)
به نظر مي‌رسد حضور روحانيون در مسووليت‌هاي حكومتي از ديدگاه امام بيشتر جنبه ارشادي و انجام وظيفه ترويج دين و جلوگيري از انحراف نظام داشته و با شناختي كه از روحيه تحول‌خواهي امام وجود دارد، اگر اين حضور موجب نقض غرض شود بايد حكم ديگري بر اساس مبناي ايشان صادر شود. (برداشت از بيان امام در صحيفه امام ، ج ۱۶)
از سوي ديگر امام در تبيين جايگاه و خدمات روحانيت (منشور روحانيت) از همه روحانيان دفاع نمي‌كند، بلكه معتقد است روحانيان وابسته و تحجرگرا هم كم نيستند و در حوزه‌هاي علميه هستند افرادي كه با قيافه مقدس‌مآبي تيشه به ريشه دين و انقلاب مي‌زنند. ايشان با اشاره به خطر تحجرگرايان در حوزه‌هاي علميه آنان را مروج اسلام امريكايي و دشمن رسول‌الله (ص) معرفي كرده و به طلاب توصيه مي‌كند كه لحظه‌اي از فكر اين مارهاي خوش خط و خال كوتاهي نكنند. ايشان تاكيد مي‌كند تهمت وابستگي و بي‌ديني را تنها بيگانگان به روحانيت نزده‌اند، بلكه ضربات روحانيتِ ناآگاه و آگاهِ وابسته، به مراتب كاري‌تر از ديگران بوده است و با اشاره به خون دل‌هايي كه خود از اين دسته متحجر خورده و هرگز از فشارها و سختي‌هاي ديگران نخورده، يادآور شده است در آغاز مبارزات اسلامي عده‌اي مقدس‌نماي واپسگرا با اين توجيه كه محمدرضا پهلوي شيعه است، با مبارزه با رژيم پهلوي مخالف بودند و همه چيز را حرام مي‌دانستند و به عنوان نمونه ياد گرفتن زبان خارجي كفر و فلسفه و عرفان، گناه و شرك به شمار مي‌رفت و هيچ كس قدرت اين را نداشت كه در برابر آنان بايستد و نتيجه مي‌گيرد كه بدون ترديد اگر همين روند ادامه مي‌يافت، وضع روحانيت و حوزه‌ها، وضع كليساهاي قرون وسطا مي‌شد.