بازداشت تيم‌هاي پزشكي و پرستاران و بهياران و امدادگران جمعيت هلال‌احمر و انتقال آنان به سلول‌هاي انفرادي زندان‌هاي عادي عراق: نقض مواد 12، 13، 14، 16، 17، 21، 22، 25، 29، 30، 33، 38، 70، 71، 77، 122 و 126 كنوانسيون سوم ژنو
رفتار غيرانساني با مقامات بازداشت‌شده ايراني (اسارت و شكنجه محمدجواد تندگويان؛ وزير وقت نفت كه به شهادت او منجر شد و ممانعت از هرگونه اطلاع‌رساني درباره زنده بودن اين مقام مسوول در طول 10 سال اسارت در زندان‌هاي مخفي عراق): نقض مواد 12، 13، 14، 16، 17، 21، 22، 25، 27، 29، 30، 38، 70، 71، 77، 120، 121، 122 و 126 كنوانسيون سوم ژنو
اعدام اسيران جنگي ايراني و قتل عمد مجروحان: نقض مواد 4، 12 و 13 كنوانسيون سوم ژنو
انتقال اسيران ايراني به بازداشتگاه‌هاي مخفي (معروف به اردوگاه‌هاي مفقودين) يا زندان‌هاي عمومي عراق و ممانعت از بازديد مسوولان كميته بين‌المللي صليب‌سرخ از اين زندان‌ها: نقض مواد 12، 13، 14، 16، 17، 21، 22، 25، 27، 29، 30، 38، 45، 70، 71، 120، 121، 122 و 126 كنوانسيون سوم ژنو
بي‌توجهي به وضعيت اسيران مجروح ايراني و جلوگيري از ارايه خدمات‌درماني مناسب براي اسرايي كه بر اثر شكنجه دچار جراحات شديد مي‌شدند: نقض ماده 15 كنوانسيون اول ژنو، ماده 18 كنوانسيون دوم ژنو، مواد 12، 13، 19 و 30 كنوانسيون سوم ژنو
غارت اموال اسيران ايراني در آغاز اسارت و عدم استرداد آن هنگام بازگشت به ميهن: نقض مواد 18، 40 و 119 كنوانسيون سوم ژنو
شرايط غيرانساني انتقال اسيران ايراني از مناطق جنگي ايران و عراق به بازداشتگاه‌هاي موقت يا دايم يا هنگام انتقال از بازداشتگاهي به بازداشتگاه ديگر (اسراي ايراني معمولا با كاميون‌هاي روباز از بازداشتگاهي به بازداشتگاه ديگر منتقل مي‌شدند و دستور عمال بعث اين بود كه كاميون‌ها، حتما از مسيرهاي شلوغ شهري عبور كنند. عراقي‌ها هم به محض ديدن اين كاميون‌ها و اطلاع از حضور اسراي ايراني، سنگ و انواع اجسام سنگين به سمت رزمندگان اسير ايراني پرتاب مي‌كردند و اطراف كاميون‌ها، به نشانه توهين و تحقير اسراي ايراني، به رقص و پايكوبي مي‌پرداختند و در اين زمان‌ها، نظاميان بعثي هيچ اقدامي براي محافظت از جان اسرا انجام نمي‌دادند): نقض مواد 13، 20، 24، 46، 47، 48 كنوانسيون سوم ژنو
فيلم‌برداري، مصاحبه راديويي اجباري با متن‌هاي از پيش نوشته شده و واداشتن اسيران ايراني به توهين به مسوولان جمهوري اسلامي ايران: نقض مواد 12و 13 كنوانسيون سوم ژنو
حبس 17 تا 19 ساعته اسيران ايراني در سلول‌ها و بندهاي بازداشتگاه‌هاي فاقد امكانات بهداشتي و ممانعت از دسترسي به سرويس‌هاي بهداشتي و جلوگيري از توزيع آب، غذا و لباس كافي: نقض مواد 13، 21، 25، 26، 27 و 29 كنوانسيون سوم ژنو
جلوگيري از انجام فعاليت‌هاي مذهبي، تفريحي، آموزشي و ورزشي در تمام اردوگاه‌ها: نقض مواد 34 و 38 كنوانسيون سوم ژنو
اجبار درجه‌داران اسير ايراني به بيگاري: نقض مواد 49، 50، 57 و 62 كنوانسيون سوم ژنو
جلوگيري از تماس اسراي ايراني با نمايندگان كميته بين‌المللي صليب‌سرخ و تهديد جاني اسرا نسبت به افشاي هرگونه بدرفتاري در اردوگاه‌ها: نقض مواد 77، 79، 80، 81 و 126 كنوانسيون سوم ژنو
تنبيه بدني فردي و جمعي به هنگام اعتراض اسراي ايراني نسبت به شرايط نامناسب و غيربهداشتي بندها و سلول‌ها، اعتراف‌گيري اجباري، حبس طولاني‌مدت اسيران در سلول‌ها و بندها، محكوميت انفرادي طولاني‌مدت بدون آگاه‌سازي اسير از علت اين تنبيه و اجبار به سپري شدن محكوميت در محروميت از آب و غذاي كافي و دسترسي به سرويس بهداشتي و هواخوري (آزاده فقيد؛ حسين لشكري كه اولين خلبان اسير ايراني است، 18 سال در زندان‌هاي عراق اسير بود- 27 شهريور 1359 تا 17 فروردين 1377- و رژيم بعث، با تمديد بي‌دليل اسارت اين خلبان ايراني تا سال‌ها پس از امضاي قطعنامه 598، يكي از مهم‌ترين تخلفات از كنوانسيون‌هاي ژنو را مرتكب شد. علاوه بر اينكه لشكري، در خاطرات خود اشاره دارد كه تا 18 ماه پيش از آزادي، از ملاقات با نيروهاي صليب‌سرخ محروم بود و بعثي‌ها، به عمد او را با محروميت از حقوق اسارت، مورد شكنجه روحي قرار مي‌دادند. لشكري در خاطرات خود كه با عنوان «6410» منتشر شد، نوشت كه در شانزدهمين سال اسارت و در ايامي كه حبس طولاني‌مدت در انفرادي زندان مخابرات عراق را سپري مي‌كرده، به نگهبان بابت ممنوعيت 7 ماهه حق هواخوري اعتراض كرده است): نقض مواد 86، 87، 88، 89، 90، 96، 97، 98 و 108 كنوانسيون سوم ژنو