چپي‌ها و موضع دوگانه
آنچه در اين ميان كمي غيرقابل پيش‌بيني بود، حمله و انتقاد برخي چهره‌هاي اصلاح‌طلب يا نزديك به اين جريان سياسي به نامه موسوي‌خوئيني‌ها به عالي‌ترين مقام جمهوري اسلامي بود. صادق زيباكلام در همين رابطه در اظهاراتي كه «فردا» آن را منتشر كرده، درباره اين نامه گفته است: «اگر قرار باشد در دادگاهي متهمان به وجود آمدن وضع كنوني احضار شوند؛ نخستين فردي كه بايد در آن دادگاه حاضر و محاكمه شود خود آقاي موسوي‌خوئيني‌هاست.» احمد زيدآبادي نيز در همين راستا و درباره تاثير اين نامه به «انصاف‌نيوز» گفته است: «حوزه تاثير بر نظام تصميم‌گيري اين نامه‌ها به خصوص از طرف فردي مانند آقاي خوئيني‌ها، اگر معكوس نباشد، صفر است.» اظهارنظري كه اين پرسش را به ذهن متبادر مي‌كند كه منظور زيدآبادي از «تاثيرگذاري سياسي» چيست؛ چه آنكه هر چه نباشد، نامه موسوي‌خوئيني‌ها دست‌كم واكنش‌هايي گسترده به همراه داشته كه از جمله مي‌توان به اظهارنظر خود زيدآبادي اشاره كرد.
در نقطه مقابل اما محمدصادق جوادي‌حصار، عضو ارشد حزب «اعتماد ملي» نه‌تنها سخني در انتقاد از اين نامه به زبان نياورده كه برعكس به نوعي از آن استقبال كرده و در تفسير چرايي نگارش آن به يك شبكه تلويزيوني فارسي‌زبان مستقر در لندن گفته است: «آقاي خوئيني‌ها در اين نامه گفته كه آنان به عنوان ياران امام نيز نسبت به روندهاي اخير كه مردم را از گذشته و آينده جمهوري اسلامي نااميد كرده، انتقاد داريم.» اين فعال سياسي اصلاح‌طلب همچنين در بخش ديگري از اظهارات خود موسوي‌خوئيني‌ها را چهره‌اي معرفي مي‌كند كه همواره رابطه بهتري با جوانان داشته و براي نمونه به سال‌هاي فعاليت او در روزنامه «سلام» اشاره مي‌كند. اين روزنامه‌نگار اصلاح‌طلب همچنين درباره چرايي نگارش بند پاياني نامه توسط خوئيني‌ها خطاب به رهبري به برخي عقايد و باورهاي جامعه مبني بر «ارتباط رهبري با امام زمان» و «ممنوعيت انتقاد از ايشان» اشاره كرده است.