عوامل مختلفي دست به هم داد و انقلاب اسلامي را رقم زد. از مهم‌ترين اين عوامل، شخصيت و اقتدار امام خميني بود. مراجع تقليد هم به پشتوانه نام ايشان بود كه بعضا به ميدان مبارزه وارد شدند. آيت‌الله ميرزا هاشم آملي در تعبيري گفته بود كه امام قيام كرد و ما هم تنها از دور طبل مي‌زديم. روابط امام و ساير مراجع، اگرچه فراز و فرودهايي داشت اما احترام به شخصيت امام همواره مورد توجه بود.
زعامت آيت‌الله حكيم در نظر امام (ره)
آيت‌الله سيدمحسن حكيم از جمله مراجع ساكن در نجف بود. او پيش از ديدار با امام خميني تنها ذكري از احوالات ايشان شنيده بود. برخي اختلاف نظرها ميان ايشان و امام خميني وجود داشت. همين عامل سبب شده بود تا برخي تصور كنند كه ميان اين دو مرجع كدورتي وجود دارد. وقتي كه امام به نجف تبعيد شدند، ساواك هم انتظار داشت كه اختلافي ميان آيت‌الله حكيم و امام در بگيرد اما شخصيت امام مورد احترام هميشگي مرحوم حكيم بود.
زماني كه امام وارد نجف شد، آيت‌الله حكيم تمام اطرافيانش را در جلسه‌اي جمع كرده و مي‌گويد، آقاي خميني ميهمان ماست و ما ميزبان ايشان هستيم و بايد اقدامات لازم را براي ايشان به جا آوريم. آيت‌الله حكيم اطرافيان و منسوبان خود را از اينكه از امام غيبت كنند و يا اسائه ادبي انجام دهند، نهي كرده بود. دو روز پس از آنكه امام به نجف وارد شدند، آيت‌الله حكيم به ديدار ايشان رفت. امام نيز اين ديدار را پاسخ گفته و به بازديد رفت. با وجود اينكه ساير مراجع، زودتر به ديدار امام رفته بودند اما آيت‌الله خميني بازديدها را ابتدا از منزل مرحوم حكيم شروع كرد. به ايشان گفتند كه اول آقايان شاهرودي و بعد خويي و بعد حكيم به ديدن شما آمدند، چرا آقاي حكيم را بر ديگران مقدم مي‌داريد؟ امام پاسخ مي‌دهند كه آقاي حكيم رهبر است، زعيم است و پيشواي مسلمين. لذا حق تقدم در تمام زمينه‌ها براي ايشان محفوظ است. در اين ديدار گفت‌وگويي ميان امام و مرحوم حكيم صورت گرفت كه نشانگر منش سياسي متفاوت اين دو بود. امام خميني به سياست مقابله با حاكميت پهلوي معتقد بود اما آيت‌الله حكيم، سكوت را ترجيح مي‌داد. با اين وجود اما آيت‌الله حكيم نيز در بسياري از وقايع ايران اعلام موضع كرد و به اعتراض عليه حاكميت پهلوي پرداخت. او در مواقعي كه امام به حبس و تبعيد محكوم مي‌شد، ابراز نگراني و تألم مي‌كرد. زماني كه امام به تركيه تبعيد شد، سيدحكيم پس از شنيدن اين خبر به ابراز تاسف پرداخته و آيه استرجاع(انا لله و انا اليه راجعون) را مكرر بر زبان جاري كرده بود. هنگامي كه خبر دستگيري امام به نجف مي‌رسد، آيت‌الله حكيم به همراه برخي ديگر از مراجع جلسه‌اي تشكيل مي‌دهند تا در مقابل اين واقعه اعلام موضع كنند. برخي حتي ادعا كرده‌اند كه مرحوم حكيم از اولين كساني بود آن زمان كه نامي از امام نبود، مرجعيت ايشان را تبليغ مي‌كرد. با اين وجود برخي اختلافات ميان حاميان اين دو مرجع رخ داده بود. آيت‌الله حكيم كه به اين اختلافات واقف بوده پس از نخستين ديدار با آيت‌الله خميني در نجف، فرزندان خود را جمع كرده و به آنها توصيه كرده بود كه من در چهره و سيماي آيت‌الله خميني عظمت و اُبهت ويژه‌اي ديدم؛ با خيلي‌ها فرق دارد. لذا شما كه به من منسوب هستيد، نمي‌خواهم در جريان‌هاي تضعيف ايشان نقشي داشته باشيد.
آيت‌الله خوانساري و احتياط سياسي
مرحوم آيت‌الله سيداحمد خوانساري در اعلام مواضع سياسي خود محتاطانه عمل مي‌كرد. همين رويكرد او سبب شده بود تا امام خميني هم برخي اعتراضاتي را نسبت به او ابراز كنند. امام در نامه‌اي به آيت‌الله خوانساري گفته بودند: «شما كه در مركز هستيد، خانه‌نشين شده‌ايد. اصلا نه حرفي، نه اعلاميه‌اي. هيچ كاري نمي‌كنيد، فايده‌اش چيست؟ شما بايد مردم را دعوت به قيام كنيد». آيت‌الله خوانساري كه احترام بسياري به امام خميني مي‌گذاشت در پاسخ به اين نامه نوشت:«حضرت آيت‌الله خميني، نامه شما واصل شد. بنده هم به سهم خودم از فرمايشات شما اطاعت خواهم كرد. هر طوري كه شما صلاح دانستيد. من حرفي ندارم...». اين گونه پاسخ مرحوم خوانساري نشان از نهايت احترام ايشان به آيت‌الله خميني داشت. اختلاف نظرهاي سياسي سبب نمي‌شد كه امام خميني مقام علمي و معنوي مرحوم آيت‌الله خوانساري را ناديده بگيرد. او بارها به منزلت علمي ايشان تاكيد كرده بود. آيت‌الله غيوري در خاطره‌اي از احترام امام خميني به مرحوم خوانساري ياد كرده و گفته است:«يك زماني كه خدمت امام بودم ايشان با آقاي شريعتمداري با تلفن مشغول صحبت بودند و مي‌گفتند: ديگر تا چه وقت مي‌نشينيد كه به آيت‌الله خوانساري اينقدر اهانت كنند. ما از آقاي خوانساري بهتر چه كسي را داريم؟»
آيت‌الله ميلاني و تكليف حمايت از امام (ره)
منزلت امام خميني چنان در نظر آيت‌الله سيد محمدهادي ميلاني برجسته بود كه در پاسخ به پرسشي درباره مقام علمي ايشان گفته بود: «حضرت حجت‌الاسلام والمسلمين آيت‌الله حاج‌آقا روح‌الله خميني از مفاخر عالم اسلام و يكي از مراجع تقليد مي‌باشند. موقعيت ديني و شخصيت اسلامي ايشان بر كسي پوشيده نيست.» آيت‌الله ميلاني در شمار امضا كنندگان اعلاميه‌اي بود كه 4 تن از بزرگان مراجع آن را مكتوب كرده و بر مرجعيت امام صحه گذاشتند. مرحوم ميلاني در مواقعي كه حاكميت پهلوي، امام خميني را در تنگناي حبس و يا تبعيد مي‌گذاشت نيز واكنش نشان داده و حمايت خود را از ايشان اعلام مي‌كرد. پس از آنكه امام را به تركيه تبعيد كردند اما هنوز مشخص نبود كه ايشان به كدام كشور تبعيد شده است، مرحوم آيت‌الله ميلاني اعلاميه‌اي صادر كرد و خطاب به امام نوشت: «سلام بر آن آب و هوايي كه شما در آنجا هستيد.» ايشان در نامه ديگري كه به مناسبت تبعيد امام نوشت نيز گفته بود:«اولياي اين گونه امور بدانند ايشان تنها نيستند بلكه لسان ناطق همه مجامع روحاني و ديني هستند و گفته ايشان كلام حق و حقيقت است.»
ميلاني در نامه‌اي خطاب به روحانيون اعلام كرده بود كه بايد عقيده خود را درباره حضرت آيت‌الله خميني آشكارا اظهار كنيد كه ايشان يكي از مراجع تقليد عاليقدر امت اسلامي هستند و گفته ايشان گفته همه ملت مسلمان است. حتي گزارش شده بود كه عده‌اي از مردم به مناسبت يكي از اعياد مذهبي در مشهد نزد آيت‌الله ميلاني رفته و از ايشان عيدي خواستند، آقاي ميلاني كه پيشينه مرجعيتش به قبل از امام خميني بازمي‌گردد به هر كدام يك جلد رساله آيت‌الله خميني داد. ايشان به دانشجويان زنداني نيز وسايل كمكي ارسال مي‌كرد و از جمله يك جلد كتاب الصلاه آيت‌الله خميني را نيز هديه مي‌داد.
روابط اين دو مرجع البته دو طرفه بود و امام خميني هم رأي مرحوم ميلاني را حرمت مي‌گذاشت. او بارها در روند مبارزات نيز نظر آيت ميلاني را جويا شده بود.
آيت‌الله گلپايگاني و تعطيلي درسش در پي تبعيد امام (ره)
آيت‌الله سيد محمدرضا گلپايگاني روابط حسنه‌اي با امام داشت. او در وصف امام گفته بود:«قطعا آيت‌الله خميني عمل خوبي پيش خدا داشته كه خداوند محبتش را در دل مردم قرار داده است». در تبعيد و زنداني شدن‌هاي مكرر آيت‌الله خميني، مرحوم گلپايگاني به ابراز همدردي مي‌پرداخت. هنگامي كه امام به پاريس مهاجرت كرد نيز آيت‌الله گلپايگاني پيغامي فرستاده و گفته بود تا هر فرمايشي دارد با ايشان در ميان گذارد. زماني كه امام خميني از زندان مرخص مي‌شد نيز مرحوم گلپايگاني از اولين افرادي بود كه به ديدار ايشان مي‌رفت. اما پس از آنكه نهضت آغاز شد، آيت‌الله گلپايگاني به امام پيغام داده بود كه آيا در اين حركت به جايي هم دلگرمي داريد؟ مقصود ايشان اين بود كه آيا از سوي امام زمان(عج) به شما اشاره‌اي شده است؟ امام پاسخ داده بود: بله دلگرمي دارم. با شناخت از اين پشتوانه امام بود كه آيت‌الله گلپايگاني پس از تبعيد ايشان به تركيه، درسش را تعطيل كرده و پس از بازگشايي آن و در آغاز درس، اين آيه را خوانده بود كه: الذين اُخرِجوا مِن ديارهم بِغير حقٍّ الا ان يقولوا ربُنا‌الله. گفته مي‌شود كه آيت‌الله وقتي كه اين آيه را مي‌خواند، جمعيت گريه مي‌كرده‌اند و ايشان نيز متاثر مي‌شود. گفته مي‌شود كه آيت‌الله گلپايگاني حتي در زماني كه امام خميني در تبعيد بود و مقلدين وجوهاتي را نزد ايشان مي‌آوردند، قبول نمي‌كرده و به آيت‌الله پسنديده كه نماينده و برادر امام بود، ارجاع مي‌داده است.
در تحليلي گفته شده است كه آيت‌الله گلپايگاني از روي احتياط معمولا در امور نهضت و مبارزه پيشقدم نمي‌شد و اين در حالي بود كه ايشان به حضرت امام علاقه داشت و ايشان را يك فرد كامل و مجتهد و متقي مي‌دانست و معتقد بود كه آن بزرگوار قيامش را بر اساس وظيفه شرعي و اسلامي خود شروع كرده و ادامه مي‌دهد.
آيت‌الله خويي و تلاشي كه براي بر هم زدن رابطه ايشان با امام شد
گزارش‌ها از مواجهه آيت‌الله سيدابوالقاسم خويي و امام خميني نشان از روابط حسنه اين دو مي‌دهد. آيت‌الله خويي از معدود مراجعي بود كه براي استقبال از امام در نجف اقداماتي انجام داده بود. امام با حضور در نجف ديدارهايي با مراجع به انجام رساند. ديدار با آيت‌الله خويي نيز به نيكي برگزار شد. آيت‌الله رسولي‌محلاتي كه در اين ديدار امام را همراهي مي‌كرده، گفته است:«از منزل مرحوم حكيم كه بيرون آمديم به منزل آيت‌الله خويي رفتيم. بين راه به امام عرض كردم كه به خاطر اطلاعيه‌هاي خوبي كه آيت‌الله خويي در حمايت از نهضت داده‌اند، جاي دارد از ايشان تشكر ويژه‌اي به عمل آوريد. امام هم پذيرفتند و با بيان شيواي خود به خاطر مجموع كارهايي كه آيت‌الله خويي در نجف به حمايت از نهضت اسلامي انجام داده بودند از ايشان تشكر كردند. اين مجلس، مجلس خوبي بود و مرحوم آيت‌الله خويي با رويي خوش برخورد كرد و از صحبت‌هاي امام ابراز خرسندي كردند». در روابط ميان مرحوم خويي و امام خميني برخي مي‌خواسته‌اند، اختلافاتي ايجاد كنند اما برخوردهاي اين دو مرجع بزرگ به گونه‌اي بوده كه اجازه سوءاستفاده را نمي‌داده‌اند. نامه‌هايي به نجف مي‌رسيد تا وجهه آيت‌الله خميني را خدشه‌دار كند. در يكي از اين نامه‌ها كه از قم نوشته شد، آمده بود:«بيانات آقاي خميني در مسجد شيخ و اعلاميه و نواري كه در قم منتشر شده است غير از اينكه باعث شده عده‌اي هدف گلوله قرار گرفته و عده‌اي ديگر زنداني و تبعيد شوند، نتيجه ديگري نداشته و نخواهد داشت». افرادي با اينگونه نامه‌ها مي‌خواستند موقعيت امام خميني را نزد مرحوم آيت‌الله خويي خدشه‌دار كنند. ساواك اما در تحليل اين نامه گفته بود كه اينگونه نامه‌ها نه تنها ثمري ندارد بلكه نتايج عكس به همراه دارد و روابط خويي و خميني را صميمي‌تر مي‌كند. با اين وجود اما برخي اختلاف سليقه‌ها نيز سبب شده بود تا اين دو مرجع بعضا اعتراض‌هايي را نسبت به هم داشته باشند. به عنوان نمونه، فردي كه برادرش شهيد شده بود نزد آيت‌الله خويي مي‌رود. مرحوم خويي به او گفته بود كه «برادرت چرا با دست خالي به مقابله با توپ و تانك و سربازان تا دندان مسلح شاه رفته است؟ آدم عاقل كه به چنين كاري دست نمي‌زند». امام خميني زماني كه از اين ماجرا مطلع شد در اعتراض به اين گفتار مرحوم خويي گفته بود اگر واقعا تصور اين است كه فردي بر اساس اعتقادش به اسلام مقابل گلوله دشمن قرار گرفته و به شهادت رسيده، كار ناصوابي انجام داده است حداقل انتظار اين بود كه شما تصورتان را آن هم به اين صورت براي برادر شهيد بازگو نكنيد.
آيت‌الله قمي و اعتراض به تبعيد امام (ره)
آيت‌الله سيدحسن طباطبايي‌قمي از نخستين مراجعي بود كه به حمايت از امام خميني پرداخت. پس از تبعيد امام بود كه مرحوم قمي نامه‌اي نوشت و اعتراض خود را به حكومت پهلوي اعلام كرد. آيت‌الله قمي پس از رهايي امام خميني از تبعيد تركيه، مسرت خود را از اين واقعه اعلام كرده و به ايشان نوشته بود كه:«بشارت تشرّف حضرت آيت‌الله موجب مسرت، انتظار مراجعت حضرتعالي را به ايران از خداوند مسألت مي‌نمايم.» آيت‌الله قمي در يكي از بيانيه‌هاي خود مطرح مي‌كند كه خون من و زندگاني من از حضرت آيت‌الله خميني بهتر نيست و من اگر دستگير شوم و كشته شوم بايد حق را برسانم. علاوه بر اين ابراز محبت‌ها كه گاه در بيانيه‌ها بروز مي‌يافت، مراودات شخصي آيت‌الله خميني و مرحوم قمي نيز به نحو حسنه‌اي پيش مي‌رفت. در بيان اين مهر دو جانبه گفته شده كه آيت‌الله خميني از نصب كولر در خانه‌اش منع مي‌كرده چراكه آيت‌الله قمي در تبعيد و در گرما بوده و از كولر محروم است.
تجربه مشترك آيت‌الله قمي با امام در زندان
در يكي از زندان‌هايي كه آيت‌الله قمي تجربه كرد، امام خميني را نيز به همان زندان منتقل مي‌كنند. امام خميني صداي بلند قرآن خواندن آيت‌الله قمي را مي‌شنود و او نيز شروع مي‌كند، بلند قرآن خواندن و با قرآن خواندن جواب همديگر را مي‌دهند. ماموران دولت مي‌دانسته‌اند كه آيت‌الله خميني و قمي مراودات حسنه‌اي دارند لذا از ديدار اين دو در زندان خودداري مي‌كردند. روابط اين دو مرجع البته بعدها به برخي اختلافات نيز انجاميد.
مراجع عظام تقليد ممكن بود كه در طول دوران مبارزه با منش سياسي امام خميني(ره) همراهي تام و تمامي نداشته باشند، ممكن بود كه برخي از اقدامات ايشان را جسورانه قلمداد كنند اما با اين وجود شخصيت امام را بسيار محترم مي‌داشتند، منزلت وافري براي ايشان قائل بودند. اگر اطرافيان‌شان هم بعضا روي خوشي به فعاليت‌هاي انقلابي نشان نمي‌داند اما مراجع عظام از هر گونه بي‌احترامي به حضرت امام منع مي‌كرده‌اند. شايد احترام به شخصيت امام بود كه برخي مراجع را نيز به فعاليت‌هاي انقلابي متمايل مي‌كرد. جايي كه به احترام شخصيت ايشان مي‌گفتند:«هر طوري كه شما صلاح دانستيد من حرفي ندارم».
آيت‌الله ميرزا هاشم آملي در تعبيري گفته بود كه امام قيام كرد و ما هم تنها از دور طبل مي‌زديم.
آيت‌الله حكيم اطرافيان و منسوبان خود را از اينكه از امام غيبت كنند و يا اسائه ادبي انجام دهند، نهي كرده بود.
با وجود اينكه ساير مراجع در نجف زودتر به ديدار امام رفته بودند اما آيت‌الله خميني بازديدها را ابتدا از منزل مرحوم حكيم شروع كرد. به ايشان گفتند كه اول آقايان شاهرودي و بعد خويي و بعد حكيم به ديدن شما آمدند، چرا آقاي حكيم را بر ديگران مقدم مي‌داريد؟ امام پاسخ مي‌دهند كه آقاي حكيم رهبر است، زعيم است و پيشواي مسلمين.
زماني كه امام به تركيه تبعيد شد، سيدحكيم پس از شنيدن اين خبر به ابراز تاسف پرداخته و آيه استرجاع (انا لله و انا اليه راجعون) را مكرر بر زبان جاري كرده بود
اختلاف نظرهاي سياسي سبب نمي‌شد كه امام خميني مقام علمي و معنوي مرحوم آيت‌الله خوانساري را ناديده بگيرد. او بارها به منزلت علمي ايشان تاكيد كرده بود. آيت‌الله غيوري در خاطره‌اي از احترام امام خميني به مرحوم خوانساري ياد كرده و گفته است:«يك زماني كه خدمت امام بودم ايشان با آقاي شريعتمداري با تلفن مشغول صحبت بودند و مي‌گفتند: ديگر تا چه وقت مي‌نشينيد كه به آيت‌الله خوانساري اينقدر اهانت كنند. ما از آقاي خوانساري بهتر چه كسي را داريم؟»
آيت‌الله ميلاني در نامه‌اي خطاب به روحانيون اعلام كرده بود كه بايد عقيده خود را درباره حضرت آيت‌الله خميني آشكارا اظهار كنيد كه ايشان يكي از مراجع تقليد عاليقدر امت اسلامي هستند و گفته ايشان، گفته همه ملت مسلمان است. عده‌اي از مردم به مناسبت يكي از اعياد مذهبي در مشهد نزد آيت‌الله ميلاني رفته و از ايشان عيدي خواستند، آقاي ميلاني كه پيشينه مرجعيتش به قبل از امام خميني بازمي‌گردد به هر كدام يك جلد رساله آيت‌الله خميني داد.