مرجع ديني جامعه مدني ايران
او مرجعي بين دو استاد حوزه بود. يكي امام خميني و ديگري آيت‌الله منتظري. با حمايت سياسي از آيت‌الله منتظري، دست از استاد خويش امام خميني برنمي‌داشت. مي‌گويد هنگام وفات امام، سر به بيابان گذاشت و پاسداران او را يافتند. مردي تا اين اندازه علاقه‌مند به استاد خويش، اما دنبال نوآوري‌هاي فقه پويا بود. او را مي‌توان بخش روشن انديش فقه پوياي استادش نام نهاد. در فقاهت بنا بر همين نوآوري‌ها؛ گاه طعن مي‌شنيد و گاه از طرف پامنبري‌هاي سنتي بر او سخت مي‌گرفتند. در حقوق بشر؛ او دين را نگاه عقلايي به جامعه مي‌دانست. حيف شد كه نگاه او به جرياني قوي در حقوق مبدل نشد تا فقه را همچون قانون، به مرجع سوالات عصر پسامدرنيته مبدل كند. در جامعه مدني، نگاه آيت‌الله صانعي مبتني بر شهروندمحوري به جاي شيعه‌محوري بود و معتقد بود كه مكتب اهل‌بيت، حقوق بشر را در دل خود محاط دارد. وظيفه حكومت ديني را خدمات به شهروندان يكسان مي‌دانست و قائل به تبعيض به سبب نژاد و دين و رنگ و خون نبود. اما آنچه از همه بيشتر او را آزرد، نگاه فراخ او به حقوق زنان بود. او سن بلوغ شرعي را رشد عقلي و بلوغ فكري دختران مسلمان مي‌دانست و قائل به مرجعيت تغييرات هورموني دختران نبود. در اين مساله او استدلال‌هاي قوي و دور از سنت داشت و جامعه ايراني بدون آنكه مقلد او باشد؛ از تببين او بهره مي‌گرفت. آيت‌الله صانعي شاگرد اول درس مرجع عام شيعه مرحوم آقا حسين بروجردي بود. در نگاه امام خميني نيز او يكي از باهوش‌ترين فقها كه بسيار اهل فكر و گفت‌وگوست معرفي‌اش مي‌كرد.
متفاوت، به‌روز، شجاع در مقام فكر و نوآور در مرز‌هاي فقه و حقوق عامه بود. كرسي فكري آقاي صانعي متعلق به آينده بخش ديني جامعه شيعه است. چنانچه در لبنان و عراق نيز، كساني چون او در مساله بهنگام‌سازي احكام پيشقراول هستند. اما حركت آيت‌الله يوسف صانعي، ريشه در سنت دهه سي و چهل حوزه قم و كشف مرجعيت سياسي و مدرن و انقلابي امام خميني داشت. او بعد از وفات استادش، راه او را در فقه دنبال كرد و البته مرجعي زنده بود كه سي سال مدرن شدن جهان و جامعه را بعد از استادش ديد و در افتا و اظهار بسيار جلو‌تر از راهي كه در دهه سي و چهل شروع شده بود و به اندازه هزار سال تاريخ فقه شيعي، دگرگوني و سوال ايجاد كرده بود به همراه تني چند از شاگردان استاد خويش پيمود و جلو‌دار فقه پويا در جامعه شيعي شد. آينده به او و نظرات‌شان بسيار بدهكار است. شايد اگر حمايت او از مغضوبين انتخابات ۸۸ نبود يا حاكميت به او به عنوان نخبه‌اي سياسي نگاه نمي‌كرد، نخبگي او راهگشاي بسياري مسائل فقهي در جامعه در حال گذار ايران بود. حال آنكه او و برادرش روزگاري معتمد اول رهبري در ايران بودند و او راهي مستقل يافت بي‌آنكه راه علمي‌اش به پشت سر گذاشتن استادش منجر گردد. براي او آينده جاي بسيار مناسبي درنظر گرفته است. همين چند وقت پيش بود كه همسر ايشان وفات يافت و او برخلاف هم‌لباس‌ها كه همسر را منزل مي‌خوانند؛ چون ابر بهار بر مصيبت از دست دادن يارش مي‌گريست. او نه در فكر كه در رفتار و احترام به زنان نيز مرجعي متفاوت بود.