در ميان شوراهاي عالي گوناگون كه در ساختار اداري كشور وجود دارد، شوراي عالي امنيت ملي را بايد مهم‌ترين آنها دانست. شورايي كه اصل 176 قانون اساسي، فلسفه تشكيل آن را، «تامين منافع ملي و پاسداري از انقلاب اسلامي و تماميت ارضي و حاكميت ملي» برشمرده است. رييس اين شورا كه امنيتي‌ترين و بالاترين مرتبه را ميان ديگر نهادهاي كشوري دارد، رييس‌جمهوري است. وظايف اين شورا مطابق قانون اساسي در سه بند آمده است: «تعيين سياست‌هاي دفاعي- امنيتي كشور در محدوده سياست‌هاي كلي تعيينشده از طرف مقام رهبري»، «هماهنگ نمودن فعاليت‌هاي سياسي، اطلاعاتي، اجتماعي، فرهنگي و اقتصادي در ارتباط با تدابير كلي دفاعي- امنيتي» و «بهرهگيري از امكانات مادي و معنوي كشور براي مقابله با تهديدهاي داخلي و خارجي».
سه وظيفه ذكر شده اين شورا، سبب شده تا در ايران مهم‌ترين تصميمات در آنجا اتخاذ و از اين نهاد امنيتي راهي دستگاه‌هاي اجرايي براي پياده‌سازي شود. اما مابين اتخاذ تصميم و ابلاغ براي اجرا، مصوبات شوراي عالي امنيت ملي، بايد به تاييد مقام رهبري برسد تا قابل اجرا باشد. به عبارت ديگر، اين شورا مسووليت تصميم‌سازي‌هاي راهبردي را برعهده دارد.
تعداد اعضاي شورا به صورت معمول، 12 نفر است: «رييس‌جمهوري»، «رييس مجلس»، «رييس قوه قضاييه»، «رييس ستاد فرماندهي كل نيروهاي مسلح»، «مسوول امور برنامه و بودجه» (رييس سازمان برنامه و بودجه)، «دو نماينده به انتخاب مقام رهبري»، «وزير امور خارجه»، «وزير كشور»، «وزير اطلاعات»، عاليترين مقام ارتش و سپاه (فرمانده كل ارتش و فرمانده كل سپاه).
يك نفر نيز در برخي مواقع مي‌تواند به اين جمع اضافه شود: «حسب مورد وزير مربوط». منظور از حسب مورد اين است كه به‌طور مثال، اگر در زمينه ذخاير استراتژيك گندم در كشور مساله حادي پيش بيايد، در شرايطي كه اين مساله در شوراي عالي امنيت ملي مطرح شود، وزير مربوطه كه وزير كشاورزي باشد، بايد در جلسه‌اي كه دستور كارش اين موضوع است، شركت كند.
آنطور كه در قانون اساسي آمده، « شوراي عالي امنيت ملي به تناسب وظايف خود شوراهاي فرعي از قبيل شوراي دفاع و شوراي امنيت كشور تشكيل مي‌دهد. رياست هر يك از شوراهاي فرعي با رييس‌جمهور يا يكي از اعضاي شوراي عالي است كه از طرف رييس‌جمهور تعيين مي‌شود. حدود اختيارات و وظايف شوراهاي فرعي را قانون معين مي‌كند و تشكيلات آنها به تصويب شوراي عالي ميرسد».
هرچند از دو شوراي فرعي با نامهاي «شوراي دفاع» و «شوراي امنيت كشور» سخن به ميان آمده، اما در حال حاضر بنا بر آنچه از خبرها برمي‌آيد، تنها شوراي امنيت كشور فعاليت دارد كه رييس آن هم وزير كشور است.
دبير شورا، پيشاني شورا
شوراي عالي امنيت ملي يك دبيرخانه هم دارد كه به نوعي پوسته بيروني اين شوراست. دبير شورا، از سوي رييس‌جمهوري منصوب مي‌شود. دبير، الزاما نبايد از ميان دو نماينده مقام رهبري در شورا انتخاب شود. به‌طور مثال وقتي مهر ماه 1386 علي لاريجاني از دبيري شوراي عالي امنيت ملي استعفا داد، محمود احمدي‌نژاد، سعيد جليلي را به اين عنوان منصوب كرد و تابستان سال بعد، پس از آنكه علي لاريجاني رييس مجلس شد، مقام رهبري او را به عنوان نماينده خود در شورا منصوب كرد.
دبير شوراي عالي امنيت ملي را بايد پيشاني شورا دانست؛ چرا كه اين مقام، به عنوان فرد رسانه‌اي شورا نيز محسوب مي‌شود كه درباره مصوبات و تصميمات توضيح مي‌دهد؛ البته به ندرت. دبير شورا، همچنين موظف است كه بر اجراي مصوبات شورا ناظر باشد و امور اداري و اجرايي شورا را هم اداره كند. بعد از دبير، معاونان او رده دوم مقامات در دبيرخانه هستند؛ معاونت‌هاي اجرايي، اجتماعي، امنيت داخلي، امنيت خارجي، بين‌الملل و سياست خارجي، راهبردي، اقتصادي، حقوقي و رسانه‌اي. هر يك از اين معاونت‌ها هم كميته‌هايي تخصصي به عنوان زيرمجموعه خود دارند.
با اينكه هيچ قانون و آيين‌نامه علني درباره محرمانه بودن مصوبات شوراي عالي امنيت ملي منتشر نشده است، اما مصوبات اين شورا هيچ زماني رسانه‌اي نشده است. اما بعضا ديده شده اظهارنظرهايي پيرامون ميزان محرمانگي مصوبات و حتي دستور كار نشست‌هاي شورا بيان شده است. كيوان خسروي سخنگوي شوراي عالي امنيت ملي، بهمن‌ماه 1393، در گفت‌وگو با خبرگزاري دولت، «ايرنا» درباره دستور كار جلسات اين شورا صحبت كرده و آن را «محرمانه» خوانده بود. به گفته او، «تنها مرجع منتشركننده مصوبات و تصميمات شوراي عالي امنيت ملي دبيرخانه شورا است كه براساس ضرورت در اين خصوص اطلاع‌رساني خواهد شد». با اين وجود در هيچ بند و ماده‌اي از قانون، حرفي از محرمانه بودن مصوبات و دستور كار جلسات شورا به ميان نيامده است.
جايگاه دبيرخانه
جايگاه مصوبات شورا به لحاظ حقوقي نيز يكي از محل‌هاي اختلاف است. بنا بر برخي مقالات حقوقي كه پيشينه موضوع را بررسي كرده‌اند، مصوبات شورا، در جايگاهي بالاتر از مجلس و هيات دولت و پايين‌تر از «حكم حكومتي»، «قانون اساسي»، «موازين شرعي» و «مصوبات مجمع تشخيص مصلحت نظام» است.
طبق مقاله‌اي كه زمستان 1396 در فصلنامه مطالعات حقوق عمومي منتشر شده، مجلس شوراي اسلامي «نمي‌تواند در خصوص شوون مختلف مربوط به مصوبات شوراي عالي امنيت ملي و از جمله فرآيند لازم‌الاجرا شدن آن قانون‌گذاري كند». به عبارت ديگر مجلس امكان اثرگذاري حقوقي در قبال مصوبات شوراي عالي امنيت ملي، از طريق وضع قوانين عادي را ندارد.
اما يكي از مباحث چالش‌برانگيز حقوقي درباره شوراي عالي امنيت ملي، شأن تصويب مصوبه و اجراي آن از سوي دبيرخانه است. در اصل 176 قانون اساسي كه به ابعاد گوناگون شوراي عالي امنيت ملي اشاره شده، هيچ اشاره‌اي به شأن قانون‌گذاري يا شأن تصويب مصوبه از سوي دبيرخانه شورا نشده است. در توضيح وظايف، تنها به «شورا» و نه «دبيرخانه» اشاره شده است. از سوي ديگر، در اين اصل از قانون اساسي كه «تاييد مقام رهبري» لازمه اجرايي شدن مصوبات گفته شده، تنها به مصوبات «شورا» اشاره شده است.
حسن روحاني باسابقه‌ترين دبير شوراي عالي امنيت ملي، در كتاب خود با نام «امنيت ملي»، درباره ساختار دبيرخانه نوشته است: «گاهي احساس مي‌شد كه ساختار اصلي شوراي عالي امنيت ملي در مقاطعي پاسخگوي حل مسائل نيست. يعني اگر بنا بود براي تصميم‌گيري در مورد هر موضوعي، جلسه رسمي شوراي عالي تشكيل دهيم و جزييات مسائل را در اين شورا مورد به مورد بررسي و تصويب كنيم، كارها به سرعت پيش نمي‌رفت. به‌ويژه پس از 11 سپتامبر و تجاوزات امريكا به منطقه به اين نتيجه رسيديم كه گاهي ضروري است كه شوراي عالي امنيت ملي در مورد موضوعي تصميمات اساسي و اصولي را اتخاذ كند، ولي ادامه آن را به دبيرخانه واگذار نمايد و دبيرخانه با تركيب مناسب تصميم‌گيرنده بقيه مسائل باشد. در واقع شوراي عالي به دبيرخانه تفويض اختيار كند تا تصميمات دبيرخانه با نظر موافق رييس‌جمهور و تاييد مقام معظم رهبري اجرايي شود».
به عبارت ديگر، براي تسهيل و تسريع در تصميم‌گيري‌ها، تفويض اختياراتي به دبيرخانه در آن زمان شده بود. اما از چند و چون و مدت اعتبار اين تفويض اختيار، سخني گفته نشده است. همچنين موضوع تفويض اختيار از جمله موضوعات مهم حقوقي است كه اجازه تفويض اختيارات، در قانون اساسي آمده است و چنين موضوعي در خصوص شوراي عالي امنيت ملي در اصل 176 قانون اساسي نيامده است.
موضع روحاني درباره تصويب مصوبه
در دبيرخانه
با اين وجود برخي موارد، مانند ممنوع‌التصويري محمد خاتمي در رسانه‌ها، از سوي حاميان اين تصميمات به دبيرخانه شورا ارجاع مي‌شود؛ به اين معنا كه حاميان اين تصميمات همواره تاكيد دارند كه چنين تصميمي حاصل دبيرخانه شوراي عالي امنيت ملي است.
حسن روحاني كه از سال 1368 تا 1400 در شوراي عالي امنيت ملي حضور داشته، سال 1394 در يك نشست خبري در قامت رييس‌جمهوري و رييس شورا، در پاسخ به سوالي پيرامون چرايي و چگونگي ممنوع‌التصويري محمد خاتمي كه از سال 1393 جدي‌تر پيگيري مي‌شده، گفته بود «در شوراي عالي امنيت ملي صحبت‌هايي شده، اما هيچ مصوبه‌اي در اين شورا در مورد حضرت آقاي خاتمي وجود نداشته است. از روز اول تا الان كه بنده در اين شورا حضور داشتم هيچ مصوبه‌اي وجود نداشته و ندارد و در هيچ دوره‌اي مطرح نبوده است». او درباره دبيرخانه هم تاكيد كرده بود كه «من از آقاي شمخاني پرسيدم، گفتند در دبيرخانه مصوبه‌اي در اين خصوص وجود ندارد. اگر هم هست غير قانوني است». او كه آن زمان از جايگاه رييس شوراي عالي امنيت ملي سخن مي‌گفت، موكدا گفت كه «دبيرخانه حق ندارد مصوبه‌اي صادر كند». به عبارت ديگر، رييس شورا، به صراحت بر عدم شأنيت صدور مصوبه از سوي دبيرخانه شوراي عالي امنيت ملي صحه گذاشته است.
با اين وجود حاميان ممنوع‌التصويري، در مخالفت با سخنان روحاني به پا خاستند. روزنامه كيهان در واكنش به سخنان رييس‌جمهوري، نوشت كه «شوراي عالي امنيت ملي در زماني كه آقاي روحاني تصدي دبيرخانه آن را به عهده داشتند، مصوبه شماره 298 را تصويب مي‌كند كه براساس آن تعيين و ابلاغ خطوط خبري (موضوع قانون مطبوعات) به عهده دبير خانه شوراي عالي قرار مي‌گيرد. مدتي بعد، در زمان تصدي سمت دبيري شوراي عالي امنيت ملي، اين موضوع بار ديگر در شورا مطرح و طي مصوبه شماره 645، اختيار مذكور كماكان در اختيار دبيرخانه باقي مي‌ماند». اين بخش از نوشته‌هاي كيهان، به قبل از دولت محمود احمدي‌نژاد بازمي‌گردد كه روحاني دبير شوراي عالي امنيت ملي بوده است. هرچند كيهان از مصوباتي كه به قول سخنگوي شورا محرمانه است، با شماره مصوبه آدرس داده و موضوعات آن را در جريان است، اما مشخص نكرده كه از دولت خاتمي تا دولت روحاني، آيا اين مصوبات تمديد شده‌اند يا خير؟ و اينكه آيا اين مصوبات شأن نزول خاصي داشتند يا خير؟ كه اگر داشته باشند، پس از رفع شأن نزول چنين مصوبه‌اي، باقي ماندن بر آن محلي از اعراب ندارد.
كيهان در ادامه نوشته بود كه «پس از رخداد فتنه 88 ... و نيز رخداد بهمن 89 دبيرخانه شوراي عالي امنيت ملي طي مصوبه شماره 567، اقدام به اعمال محدوديت‌هاي حداقلي براي برخي سران فتنه و عوامل آشوب‌هاي خياباني مي‌كند. اين مصوبه تاكنون توسط هيچ مرجعي باطل يا توسط خود شورا لغو نشده است».
نكته‌اي كه در ميان نوشته‌هاي كيهان به چشم مي‌آيد اين است كه شماره مصوبه دبيرخانه در زمان دبيري حسن روحاني 645 بوده كه به قبل از دولت محمود احمدي‌نژاد مربوط مي‌شود اما مصوبه دبيرخانه در سال دوم دولت دوم احمدي‌نژاد 567 است؛ به عبارتي شماره مصوبات عقب‌گرد داشته چون مصوبه اول و دومي كه كيهان اشاره دارد، شماره‌هاي آنها افزايشي است؛ شايد هم نحوه شماره‌گذاري تغيير كرده باشد!
اما نكته مهم در اين بين شأن تصويب مصوبات از سوي دبيرخانه است درحالي‌كه در قانون اساسي حرفي از امكان تفويض اختيارات شورا به دبيرخانه به ميان نيامده است و در صورتي تفويض قانوني است كه قانون‌گذار آن را قيد كرده باشد. از طرفي اگر در آيين‌نامه يا قانوني در شورا چنين اجازه‌اي داده شده، بهتر است كه شورا براي تنوير افكار عمومي آن را منتشر كند.
شورا در مقالات پژوهشي
در مقاله‌اي با نام «تاملي حقوقي در ساختار و صلاحيت مصوبه‌گذاري دبيرخانه شوراي عالي امنيت ملي» كه تابستان 1400 در فصلنامه «دانش حقوق عمومي» منتشر شده، درباره صلاحيت دبيرخانه شورا براي تصويب مصوبات لازم‌الاجرا، نوشته شده است: «توسعه صلاحيت‌هاي دبيرخانه به حوزه‌هايي مانند وضع مصوبات لازم‌الاجرا برخلاف حوزه صلاحيت‌هاي ستادي نمي‌تواند با اغلب اصول حاكم بر فعاليت‌هاي نهادهاي مشابه اين دبيرخانه منطبق باشد، زيرا در عين آنكه توسعه اين صلاحيت مبتني بر نص و مجوز قانوني خاصي نيست، با كارويژه‌هاي مدنظر مقام رهبري براي اين دبيرخانه نيز چندان هماهنگ نيست و در عين حال بررسي نظرهاي شوراي نگهبان و رويه قضايي و همچنين دلايل ارايه‌شده براي توسعه اين صلاحيت بيانگر آن است كه پذيرش چنين كارويژه و صلاحيتي براي دبيرخانه شوراي عالي امنيت ملي تا حد زيادي مغاير با فلسفه ايجاد آن و اصول و ضوابط عام حاكم بر حقوق عمومي است».
اما درباره صلاحيت شوراي عالي امنيت ملي براي اقداماتي مانند حصر، در مقاله‌اي پژوهشي با عنوان «تاملي بر جايگاه حصر نظام حقوقي ايران» كه در شماره دهم از دو فصلنامه علمي حقوق بشر و شهروندي اينگونه آمده است: «برداشت موسع از شمول اصل 176 قانون اساسي، در كنار توجه به وجود نهادهاي مشابه با حصر در قوانين كيفري و نيز عنايت به اولويت نظم عمومي و امنيت ملي بر ساير شوون حقوقي از جمله حقوق مدني و قضايي، مبين توجيه قانوني و حقوقي اعمال حصر از سوي شوراي عالي امنيت ملي است».
در ادامه اين مقاله آمده است: «نظر به صراحت قانون اساسي در اصول 32، 33، 36 و همچنين مواد 2، 12 و 13 قانون مجازات اسلامي، بازداشت موقت، مجبور نمودن افراد به اقامت در محل معين و حكم به مجرميت، مجازات و نيز رسيدگي به جرايم، منحصرا وفق قانون انجام مي‌شود. اين صراحت و تاكيد قانوني، به لحاظ ضرورت حفظ حقوق شهروندي و تامين آزادي‌هاي مدني افراد جامعه است و هرگونه تصميمي در اين رابطه اعم از قضايي و غيرقضايي مثل تصميمات انتظامي كه به نحوي با حقوق افراد ملت ارتباط دارد، بايد واجد مبناي صريح قانوني باشد؛ اين درحالي است كه تصميم به حصر با هيچ‌يك از مباني پيش‌گفته قابل توجيه نبوده و در مورد استناد به عمومات اصل 176 قانون اساسي نيز، نمي‌توان برداشت كلي از اين اصل را مستمسك نقض صراحت اصول ديگر و عدم پايبندي به آنها قرار داد».
پرونده‌هاي شورا
اين شورا در بسياري از پرونده‌هاي مهم و امنيتي در طول جمهوري اسلامي، نقش اول را بازي كرده و مي‌كند. البته بسته به سياست‌هاي نظام و تا حدودي دولت‌هاي مستقر، ممكن است پرونده به دستگاه اجرايي در دولت سپرده شود و اين شورا تنها به سياست‌گذاري بسنده كند.
يكي از مهم‌ترين ماموريت‌هاي شورا كه دبيرخانه و دبير آن را پيگيري كرده، به همان روزهاي ابتدايي تشكيل شورا برمي‌گردد. اجراي قطعنامه 598 و همچنين مبادله اسراي جنگ عراق با ايران، نخستين ماموريت‌هاي شورا بوده است. حسن روحاني دبير وقت شورا، مسووليت سرپرستي مذاكرات در اين دو مورد را برعهده داشت. پس از آن بحران‌هايي نظير اعتراضات اسلام‌شهر در استان تهران و اعتراضات مشهد، در اوايل دهه 70 خورشيدي از ديگر موضوعاتي بوده كه در دستور كار شوراي عالي امنيت ملي بوده است.
با روي كار آمدن دولت خاتمي، موضوعاتي نظير افشاي قتل‌هاي زنجيره‌اي در سال 1377 و ماجراي كوي دانشگاه تهران در تابستان 1378 دو بحراني بود كه در شورا و دبيرخانه پيگيري مي‌شد.
يكي از چالشي‌ترين موضوعات، حمله طالبان به كنسولگري ايران در مزار شريف و به شهادت رساندن تعدادي از ديپلمات‌هاي ايراني بود كه سال 1377 صورت گرفت. موضوع چالشي در اين ماجرا، حمله نظامي ايران به طالبان بود؛ عده‌اي مخالفت و برخي ديگر موافق حمله نظامي بودند. علي ربيعي كه آن زمان معاون حسن روحاني در دبيرخانه شوراي عالي امنيت ملي بود، درباره تصميم‌گيري پيرامون حمله به طالبان گفته بود كه پس از جلسه شورا، نظرات جمع‌بندي شد و «حدود ساعت دو نصفه شب بود كه جمع‌بندي جلسه را امضا كردم و به بيت رهبري فرستادم. فرداي آن روز نماز صبح را خواندم و حدود ساعت هفت صبح در محل كار خود حاضر شدم؛ وقتي وارد اتاق كارم شدم، با نامهاي كه احتمالا ساعت پنج صبح فرستاده شده بود، روي ميز خود مواجه شدم كه در آن نوشته شده بودند: ما وارد اين دام نمي‌شويم ولي تدابير ديگر بايد انجام شود كه با توجه به اين تصميم بسيار هوشمندانه ما وارد آن باتلاق نشديم».
حملات تروريستي القاعده به برج‌هاي دو قلوي تجارت جهاني در نيويورك كه 11سپتامبر سال 2000 رخ داد و به تبع آن حمله نظامي ائتلاف جهاني به رهبري ايالات متحده به افغانستان، يكي از موضوعات مهم آن روزهاي بود. تعامل و همكاري ايران با نيروهاي ائتلاف به رهبري امريكا و مدتي بعد در جريان حمله امريكا به عراق در سال 2003، از چالش‌هاي ديگر در آن دوره بود.
اما شايد يكي از طولاني‌ترين و شايد پرچالش‌ترين پرونده‌هاي شورا و دبيرخانه، ماجراي هسته‌اي ايران باشد. اين پرونده از زمان آغاز در دوران محمد خاتمي تا پايان دولت احمدي‌نژاد، از اختيار وزارت امور خارجه و سازمان انرژي اتمي خارج بوده و از سوي شورا و دبيرخانه پيگيري مي‌شده و مذاكرات آن در اختيار حسن روحاني دبير شورا بوده است؛ روحاني كه سرپرستي مذاكرات را بر عهده داشته، روايت مي‌كند كه با تاكيد مقام رهبري سرپرستي اين مذاكرات را پذيرفته است.
در دوران دولت‌هاي محمود احمدي‌نژاد هم، اين مذاكرات همچنان در اختيار دبيرخانه شورا بوده و علي لاريجاني و سعيد جليلي، مسووليت سرپرستي مذاكرات را داشتند و مذاكره‌كننده ارشد هسته‌اي محسوب مي‌شدند.
با رياست‌جمهوري حسن روحاني، پرونده از شوراي عالي امنيت ملي گرفته و براي تمركز بيشتر، به وزارت امور خارجه سپرده شد. با اين وجود، با دستيابي به توافق برجام، اين توافق در شوراي عالي امنيت ملي مورد تاييد اعضا قرار گرفت؛ از سوي ديگر اين توافق در مجلس نيز تصويب شد و در اقدامي كم‌سابقه، شوراي نگهبان در كمتر از 24 ساعت، اين توافق را تاييد كرد.
اما در اواخر دولت روحاني، دبيرخانه شورا با وزارت امور خارجه و مجموعه دولت، دچار اختلافي مشهود شد؛ به‌طوري‌كه محمود واعظي رييس دفتر رييس‌جمهوري به تندي از دبيرخانه شورا انتقاد كرد و البته با پاسخ علي شمخاني دبير وقت روبرو شد. با اين وجود، مشخص نبود كه اگر دبير شورا منصوب رييس‌جمهوري است، چرا چنين اختلاف نظري شكل گرفته بوده است؟ وجود چنين شورايي به لحاظ اينكه شورايي فراجناحي محسوب مي‌شود، مي‌تواند در بسياري از مواقع نقش مثبتي ايفا كند؛ البته كه در زمان حاضر به دليل اينكه سه قوه از نظر سياسي در يك راستا قرار دارند، آنچنان فراجناحي بر آن نمي‌نشيند اما در شرايط ديگري مانند دولت روحاني يا خاتمي، دولتي‌ها و ساير اعضا در نسبتي برابر قرار مي‌گرفتند. با اين وجود مساله مهم، مصوبات و نحوه اجراي آنها در راستاي تامين منافع ملي است.
تاريخچه شوراي 34 ساله
شوراي عالي امنيت ملي 34 ساله است؛ يعني از زمان رهبري آيت‌الله خامنه‌اي و رياست‌جمهوري اكبر هاشمي رفسنجاني و پس از درگذشت بنيانگذار انقلاب. شوراي عالي امنيت ملي را بايد در امتداد شوراي عالي دفاع دانست؛ شورايي كه در زمان جنگ، مسوول تصميم‌گيري و تصميم‌سازي‌ها در طول جنگ 8 ساله را بر عهده داشت. پس از پايان جنگ، شوراي عالي دفاع ديگر شأنيتي نداشت؛ از اين رو پس از درگذشت بنيانگذار انقلاب، اين شورا به شوراي عالي امنيت ملي تبديل شد و در جريان بازنگري قانون اساسي در سال 1368، به عنوان اصل 176 در اين قانون آمد. با تشكيل اين شورا در آبان‌ماه 1368، مقام رهبري در احكام جداگانه، حسن روحاني و سيداحمد خميني را به عنوان نمايندگان خود در شوراي عالي امنيت ملي منصوب كرد. البته كه روحاني همزمان به دبيري شورا نيز منصوب شد.
احكام حسن روحاني و سيداحمد خميني، سه ساله بود و دي ماه 1371، احكام اين دو بار تمديد شد. اما احمد خميني تا پايان دوره سه ساله اش زنده نماند و اسفند 1373 درگذشت. پس از او، علي لاريجاني در سال 1374 به عنوان ديگر نماينده رهبري در شورا منصوب شد. سال 1383 حكم حسن روحاني بار ديگر تمديد شد. هر چند حسن روحاني سال 1384 با روي كار آمدن محمود احمدي‌نژاد از دبيري شوراي عالي امنيت ملي استعفا كرد، اما همچنان به عنوان نماينده آيت‌الله خامنه‌اي در شورا باقي ماند. از آن زمان تا مهر 1386، علي لاريجاني كه نماينده رهبري در شورا هم بود، از سوي احمدي‌نژاد به عنوان دبير شورا منصوب شد. با ايجاد اختلاف نظرهاي گسترده بين لاريجاني و احمدي‌نژاد، او هم از اين سمت استعفا كرد و سعيد جليلي دبير شورا شد. با اين وجود علي لاريجاني همچنان به عنوان نماينده رهبري در شورا حضور داشت؛ تا زماني كه به عنوان نماينده قم وارد مجلس شد و به رياست دوره هشتم پارلمان رسيد. آن زمان لاريجاني به عنوان رييس مجلس، عضو حقوقي شورا شد و جا براي حضور جليلي به عنوان نماينده رهبري باز شد. تير 1387 جليلي پس از 9-8 ماه فعاليت در جايگاه دبير، سرانجام به عنوان نماينده رهبري در شورا منصوب شد. تركيب نمايندگان رهبري در شورا، تا سال 1392 همان تركيب جليلي و روحاني باقي ماند. سال 1392 هم حسن روحاني با پيروزي در انتخابات رياست‌جمهوري يازدهم، به عنوان شخصيت حقوقي رييس‌جمهوري، رييس اين شورا شد. آن زمان جليلي همچنان نماينده رهبري در شورا باقي ماند و روحاني، علي شمخاني را به عنوان دبير منصوب كرد و همزمان با حكمي از سوي آيت‌الله خامنه‌اي، نماينده رهبري در شورا نيز شد. با پايان دولت روحاني، تصور بر اين بود كه دبير شورا تغيير خواهد كرد، اما چنين نشد و حدود دو سال بعد از رياست‌جمهوري ابراهيم رييسي، علي شمخاني همچنان عهده‌دار دبيري شورا و نمايندگي رهبري در شورا بود. خرداد 1402، علي شمخاني از هر دو سمت در شورا كنار گذاشته شد و علي‌اكبر احمديان، معاون شمخاني در وزارت دفاع و نيروي دريايي سپاه، جايگزين او در هر دو جايگاه شد. در طول 34 سال كه از عمر شوراي عالي امنيت ملي مي‌گذرد، حسن روحاني با 16 سال دبيري شورا، 24 سال نمايندگي رهبري در شورا و 32 سال حضور كلي در شورا، ركورددار فعاليت در شوراي عالي امنيت ملي است. نفر دوم، علي لاريجاني است؛ با 13 سال نمايندگي رهبري در شورا. علي شمخاني هم با 10 سال دبيري و نمايندگي رهبري در شورا در جايگاه پرسابقه‌ترين افراد شورا قرار دارد