«جرم سياسي» قانوني شد
ماده دو: مصاديق جرم سياسي
در اين ماده مصاديق جرم سياسي ذكر شده است كه طبق آن پنج دسته از جرايم در صورت انطباق با شرايط مقرر در ماده 1 اين قانون جرم سياسي محسوب مي‌شود. مورد اول؛ «توهين يا افتراء به روساي سه قوه، رييس مجمع تشخيص مصلحت نظام، معاونان رييس‌جمهور، وزراء، نمايندگان مجلس شوراي اسلامي، نمايندگان مجلس خبرگان و اعضاي شوراي نگهبان به واسطه مسووليت آنان». مورد دوم اما بر توهين به رييس يا نماينده سياسي كشور خارجي كه در قلمرو ايران وارد شده است، با رعايت مفاد ماده 517 قانون مجازات اسلامي بخش تعزيرات تاكيد مي‌كند. در مورد بعدي هم جرايم مقرر در قوانين انتخابات خبرگان رهبري، رياست‌جمهوري، مجلس شوراي اسلامي و شوراهاي اسلامي شهر و روستا به استثناء مجريان و ناظران انتخابات نيز مصداق جرم سياسي شناخته شده‌اند. همين‌طور «نشر اكاذيب» نيز مصداق ديگري از اين جرايم تعريف شده است. نهايتا هم بر اساس اين ماده «جرايم مندرج در بندهاي «د» و «هـ« ماده 16 قانون فعاليت احزاب، جمعيت‌ها، انجمن‌هاي سياسي و صنفي و انجمن‌هاي اسلامي يا اقليت‌هاي ديني شناخته شده» نير مصداق جرم سياسي محسوب شدند. اين جرايم عبارتند از «نقض آزادي‌هاي مشروع ديگران» و «ايراد تهمت، افتراء و شايعه پراكني».
ماده سه: جرايمي كه جرم سياسي نيستند
سومين ماده از اين طرح به دسته‌بندي جرايمي اختصاص دارد كه بر اساس مصوبه نمايندگان مباشرت، مشاركت، معاونت و شروع آنها شامل «جرم سياسي» نمي‌شوند. مجلسي‌ها اين موارد را در يازده قسمت دسته‌بندي كرده‌اند. يازده قسمتي كه سرفصل آنها را «جرايم مستوجب حدود، قصاص و ديات» تشكيل مي‌دهد. در ادامه هم مواردي چون «سوء قصد به مقامات داخلي و خارجي»، «آدم‌ربايي و گروگان‌گيري»، «بمبگذاري و تهديد به آن، هواپيماربايي و راهزني دريايي»، «سرقت و غارت اموال، ايجاد حريق و تخريب عمدي»، «حمل و نگهداري غيرقانوني، قاچاق و خريد و فروش سلاح، مواد مخدر و روانگردان»، «رشا و ارتشاء، اختلاس، تصرف غيرقانوني در وجوه دولتي، پولشويي، اختفاي اموال ناشي از جرم مزبور»، «جاسوسي و افشاي اسرار»، «تحريك مردم به تجزيه‌طلبي، جنگ و كشتار و درگيري»، «اختلال در داده‌ها يا سامانه‌هاي رايانه‌اي و مخابراتي به كار گرفته شده براي ارايه خدمات ضروري عمومي يا حاكميتي» و «كليه جرايم عليه عفت و اخلاق عمومي اعم از جرايم ارتكابي به وسيله سامانه‌هاي رايانه‌اي يا مخابراتي يا حامل‌هاي داده يا غير آن» به عنوان سرفصل جرايمي كه ذيل تعريف «جرم سياسي» قرار نمي‌گيرند، تعريف شدند.
ماده چهار: هيات منصفه
نحوه رسيدگي به جرايم سياسي و مقررات مربوط به هيات منصفه مطابق آيين دادرسي دادگاه‌هاي عمومي و انقلاب در امور كيفري است.
ماده پنج: تعيين مرجع سياسي بودن اتهام
بر اساس اين ماده تشخيص سياسي بودن اتهام بر عهده دادسرا يا دادگاه بررسي‌كننده پرونده است. در ادامه اين ماده آمده است كه متهم مي‌تواند در هر مرحله از رسيدگي در دادسرا و تا پايان جلسه اول دادرسي در دادگاه نسبت به غيرسياسي بودن اتهام خود ايراد كنند. مرجع رسيدگي‌كننده طي قراري در اين مورد اظهار نظر مي‌كند. شيوه صدور و اعتراض به اين قرار تابع مقررات آيين دادرسي دادگاه‌هاي عمومي و انقلاب در امور كيفري است.
ماده شش: نحوه اعمال مجازات محكومان جرايم سياسي
بر اساس اين ماده «مجزا بودن محل نگهداري در مدت بازداشت و حبس از مجرمان عادي» نخستين امتياز اين دسته از متهمان و محكومين است. ضمن آنكه آنها از پوشيدن لباس زندان در طول بازداشت و حبس نيز معاف شده‌اند. «ممنوعيت اجراي مقررات ناظر به تكرار جرم»، «حق ملاقات و مكاتبه با بستگان طبقه اول در طول مدت حبس»، «حق دسترسي به كتب، نشريات، راديو و تلويزيون در مدت حبس» نيز از ديگر موارد اين ماده است. ضمن اينكه مجلسي‌ها تصويب كردند كه مجرمان سياسي غيرقابل استرداد خواهند بود. اين بدان معناست كه اگر مجرمي در كشور با جرم سياسي محاكمه شود، امكان استرداد آن توسط كشورهاي ديگر وجود نخواهد داشت. همچنين بر اساس قسمت ديگري از اين ماده بازداشت و حبس مجرمان و متهمان سياسي به جز در مواردي كه مقام قضايي بيم تباني بدهد يا آن را براي تكميل تحقيقات ضروري بداند، ممنوع خواهد بود. علاوه بر اينكه در همين قسمت آمده است كه در صورت دستور مقام قضايي نيز حبس و بازداشت انفرادي اين افراد نبايد بيشتر از 15 روز طول بكشد.