در مجالس شوراي اسلامي يك رسم و سنت نانوشته‌اي وجود دارد كه وقتي وزراي دفاع و اطلاعات براي راي اعتماد معرفي مي‌شوند، سعي مي‌شود كه كمترين مخالفتي با آنها شود و همين‌طور كمترين سوالات در مجلس هم به اين دو وزير اختصاص دارد. شايد اين عدم مخالفت‌ها بنا بر اين موضوع باشد كه وزراي دفاع، اطلاعات و امور خارجه با هماهنگي رهبري انتخاب و معرفي مي‌شوند.
شاهد اين ادعا هم مطلبي است كه به تاريخ 6 مرداد 1396، از سوي وب‌سايت دفتر حفظ و نشر آثار آيت‌الله خامنه‌اي منتشر شد: «رويه ثابت در همه دولت‌ها، هماهنگي با رهبري در انتخاب وزيران دفاع، امور خارجه و اطلاعات بوده است و اين هم، حسب تكاليفي است كه در قانون اساسي براي رهبري در امور سياست خارجي و دفاعي- امنيتي تعيين شده است.» بر همين اساس دهقان هم وقتي در مجلس نهم براي كسب راي اعتماد رفت، بدون اينكه مخالفتي با او صورت بگيرد، با راي بالايي به وزارت رسيد.
نقش‌آفريني در مذاكرات برجام
در دوران وزارت دفاع دهقان، مهم‌ترين اتفاق ديپلماسي دولت روحاني رخ داد؛ مذاكرات ايران با گروه 1+5 نتيجه داد و منجر به برجام و قطعنامه ۲۲۳۱ شد. دهقان در طول حضورش در كابينه و بعد از آن، از دولت بدگويي نكرد و بعضا حمايت هم كرد. حسين دهقان به عنوان وزير دفاع و وزارتخانه‌اش هم در كنار ساير تيم مذاكره‌كننده هسته‌اي ايران در به ثمر رسيدن برجام نقش موثري داشت. رييس‌جمهوري وقت در مراسمي كه ۱۹ بهمن ۹۴ برگزار شد، به حسين دهقان نشان درجه يك شجاعت اهدا كرد و گفت: «در ادامه روند مذاكرات به جايي رسيديم كه نياز بود وزير دفاع و كارشناسان اين وزارتخانه به صحنه بيايند و تهمت ناروايي كه صهيونيست‌ها نسبت به ملت ما زده بودند، زدوده و گره PMD حل و فصل شود، لذا در اين راه دكتر دهقان با همه ياران‌شان شجاعانه به صحنه آمدند.»
رفتن از دولت
او اما با شروع دولت دوازدهم از كابينه كنار گذاشته شد و درباره كنار رفتنش از وزارت دفاع اين‌گونه گفته: «از قديم ضرب‌المثلي هست كه مي‌گويد «صلاح مملكت خويش خسروان دانند» به هر حال آقاي روحاني به عنوان رييس‌جمهور بايد همكاران خود را متناسب با سياست‌ها و برنامه‌هايي كه در اين دوره دارند، انتخاب مي‌كردند. حق انتخاب هم با ايشان بود كه فرد ديگري را انتخاب كردند.»
دهقان را تقريبا مي‌توان در زمره مدافعان برجام برشمرد؛ او در گفت‌وگوي تلويزيوني خود از برجام دفاع مي‌كند: «اولا برجام چيز جديدي به معناي محدوديت‌ها يا ممنوعيت‌ها نيست؛ برجام يك فرآيندي درباره صرف برنامه هسته‌اي ماست. يعني هيچ بحث غيرهسته‌اي در برجام وجود ندارد. دوم اينكه قطعنامه ۲۲۳۱ تمامي قطعنامه‌هاي قبلي را تا ۱۹۲۹ فقط در بعد هسته‌اي ملغي مي‌كند؛ اين را به ياد داشته باشيد. پس اساسا موضوع برجام پرونده هسته‌اي است، هيچ چيز ديگري نيست. نه موشكي و نه حقوق بشر است. وليكن اينكه برجام موجب محدوديت شده است بايد گفت يك جا چنين است و آنجا اين است كه اقلام با استفاده دوگانه اين محدوديت را داريم كه بايد سيكل كميته خريد را طي كند. گفته شده بايد اطمينان حاصل شود كه اگر در محل غيرنظامي به كار گرفته مي‌شود ردش تا محل استفاده كاملا به تاييد رسد و ديده شود.»
او در زماني كه از دولت يازدهم بابت بالا بودن ميانگين سني انتقاد مي‌شد از همكارانش دفاع كرد و كم‌تحرك بودن دولت را رد كرده بود: «من كمتر همكاري را مي‌دانم از خود آقاي روحاني تا بقيه كه در شبانه‌روز كمتر از چهارده ساعت كار بكنند من خودم معمولا پنج مي‌آيم هشت و نه شب و ده شب مي‌روم بيشتر از ۱7-۱8 ساعت نمي‌شود كار كرد بقيه هم همين‌طور هستند.»
مشاور رهبري در حوزه صنايع دفاعي
پس از كنار رفتن از دولت دوم روحاني، در حكمي به تاريخ ۲۹ مرداد ۱۳۹۶ از سوي مقام رهبري، دهقان به سمت «مشاور فرماندهي كل قوا در حوزه صنايع دفاعي و پشتيباني از نيروهاي مسلح» منصوب شد. در حكم او آمده است: «رصد مستمر تحقيقات علمي و تحول فناوري‌هاي دفاعي و ارايه پيشنهاد در دستيابي به ارتقا و توسعه قابليت‌ها مورد انتظار مي‌باشد.»
دهقان پس از ترور محسن فخري‌زاده كه از مديران ارشد وزارت دفاع بود و هفتم آذر 1399 رخ داد، در توييت‌هايي او را «دوست و برادر ديرينه‌اش» خواند و نوشت كه «همچون صاعقه بر سر قاتلان اين شهيد مظلوم فرود خواهيم آمد و از كرده خود پشيمان‌شان خواهيم كرد.»
حسين دهقان پس از اينكه از دولت رفت همچنان مورد توجه رسانه‌ها بود و جسته و گريخته از احتمال ورودش به انتخابات رياست‌جمهوري ۱۴۰۰ صحبت مي‌كرد. پس از مدتي اين جسته و گريخته‌ها رسمي شد و او اعلام كرد كه مي‌خواهد هشتمين رييس‌جمهوري در سيزدهمين انتخابات رياست‌جمهوري شود. اما پيش از اعلام نتايج تاييد صلاحيت‌ها از سوي شوراي نگهبان، حسين دهقان اعلام كرد كه به نفع «ابراهيم رييسي» كناره‌گيري مي‌كند.
او كناره گرفت و ارديبهشت 1401، با حكم رييسي به سمت نماينده ويژه رييس‌جمهوري و دبير شوراي توسعه سواحل مكران منصوب شد. او در اين مدت اظهاراتي هم درباره توسعه مكران داشته كه بازتاب زيادي در رسانه‌ها داشته است: «به رييسي گفتم مكران قرار است به دوبي و شانگهاي تبديل شود.» هرچند تا امروز مكران تبديل به شانگهاي و دوبي نشده، اما با سمت جديدي كه در بنياد مستضعفان گرفته، به نظر مي‌رسد كه ديگر زماني براي شانگهاي و دوبي كردن سواحل مكران نداشته باشد و بايد به جاي رفتن به مكران، به ساختمان مركزي بنياد مستضعفان در بلوار آفريقاي تهران برود؛ محله‌اي كه با وظيفه ذاتي اين بنياد همخواني كه ندارد هيچ، در تضاد معنايي و مفهومي نيز قرار دارد.