علي مطهري در نامه‌اي سرگشاده
به نمايندگان مجلس نسبت به تبديل شدن مجمع تشخيص به سنا و شوراي نگهبان دوم هشدار داد
دفاع از استقلال پارلمان
آخرين نطقش در قامت نماينده مردم در ساختمان هرمي شكل ميدان بهارستان هم خداحافظي بود و هم هشدار به نهادهاي انتصابي. نهادهايي كه از ديد او هر كدام به نوعي خواهان تقليل جايگاه پارلمان در ساختار سياسي جمهوري اسلامي هستند. گفت كه گمان نكنيد مجلس‌يازدهمي‌ها تمام و كمال مطيع شما خواهند بود، بلكه از ميان آنان نيز حر‌هايي پيدا خواهند شد. تعريف «حر» و «حريت» از ديد علي مطهري چندان نياز به شرح و بسط ندارد اما حداقل در 8 ماه گذشته از عمر پارلمان يازدهم، چندان خبري از اين قبيل نمايندگان در پارلمان يازدهم نبوده يا اگر بوده، اظهارات‌شان به تند و تيزي و صراحت مطهري و امثال او در دهمين دوره مجلس نبوده است. شايد به همين دليل است كه نايب‌رييس مجلس دهم و يكي از مدعيان پاستور 1400 حالا دست به قلم شده و از بايدها و نبايدهاي نمايندگان براي حفظ استقلال و شأن نهاد پارلمان در ايران مي‌نويسد. او در آخرين نامه خود به مجلس يازدهمي‌ها باز هم از نوع مواجهه مجمع تشخيص مصلحت نظام و هيات عالي نظارت اين نهاد با مجلس انتقاد كرده و خواستار مقابله نمايندگان با اين روند شده است.
علي مطهري در بخشي از نامه سرگشاده خود خطاب به نمايندگان مجلس يازدهم كه در كانال تلگرامي‌اش آن را منتشر كرده، آورده است: «طبق قانون اساسي مجمع تشخيص مصلحت نظام حق ديگري براي ورود به روند قانونگذاري ندارد ولي امروز مجمع با تشكيل «هيات عالي نظارت بر اجراي سياست‌هاي كلي نظام» مي‌تواند هر مصوبه مجلس را به بهانه عدم انطباق با يك سياست كلي متوقف كند، بلايي كه بر سر دو لايحه مذكور آمد. حتي مواردي بوده است كه مجمع در مصوبه مجلس دست برده و از نظر خود اصلاح كرده است. در واقع مجمع تشخيص، هم شوراي نگهبان دوم شده است و هم مجلس سنا. اين رويه جايگاه مجلس را تنزل داده است و مردم مي‌گويند مجلس در موارد مهم كاره‌اي نيست و تصميمات در جاي ديگري گرفته مي‌شود.» او در بخش ديگري از نامه خود از ارايه پيشنهاداتش به عالي‌ترين مقام جمهوري اسلامي براي اصلاح روند اقدامات مجمع تشخيص خبر داده و همزمان نسبت به عواقب تداوم اقدامات مجمع تشخيص و كاهش جايگاه پارلمان در ايران هشدار داده است. مطهري راه‌حل را واگذاري تشخيص مقوله تطابق مصوبات با سياست‌هاي كلي به مجلس دانسته و نوشته است: «يك موضوع ساده به شكل پيچيده‌اي عمل مي‌شود و مشكلاتي براي مجلس و كشور ايجاد شده و جايگاه مجلس را تنزل داده است، چون هر مصوبه‌اي را مجمع مي‌تواند ماه‌ها متوقف كند. به نظر مي‌رسد راه‌حل اين است كه مرجع تشخيص انطباق يك مصوبه با سياست‌هاي كلي نظام را خود مجلس با مشاوره و راهنمايي مجمع تشخيص قرار داده و از ايجاد شوراي نگهبان دوم و ورود مجمع به روند قانونگذاري و نيز متوقف شدن برخي مصوبات مجلس جلوگيري مي‌كند، راه‌حل مناسبي است و منظور از انطباق مصوبات با سياست‌هاي كلي را تامين مي‌كند. در مجلس دهم زماني كه اين پيشنهاد را مطرح كردم مورد استقبال نمايندگان از همه گرايش‌ها قرار گرفت. برخي آيين‌نامه مجمع را مانع معرفي مي‌كردند كه البته مانند آيين‌نامه مجلس قابل تغيير است.»