مرحوم آيت‌الله شاهرودي دومين رييس قوه قضاييه‌اي بود كه بعد از بازنگري قانون اساسي و حذف شوراي عالي قضايي و تمركز مديريت فردي در قوه قضاييه به رياست آن منصوب شد. به گفته خودشان وارث ويرانه‌اي شد كه در دوره رياست آيت‌الله يزدي ايجاد شده بود، ويرانه‌اي كه با حذف دادسرا گريبان دادگستري را گرفت و در امور كيفري آثار مخرب بيشتري داشت تا امور حقوقي، هرچند در امور حقوقي نيز تاثير دادگاه‌هاي عام يا دادگاه‌هاي عمومي كه منجر به حذف درجه‌بندي محاكم شد آثار سوء آن تا هم‌اكنون باقي است اما در امور كيفري حذف دادسرا و نهاد دادستاني منجر به نوعي رسيدگي شد كه همه مراحل پرونده را يك نفر به اصطلاح از بدو الي‌الختم برعهده داشت و اين رويه باعث تسلط ضابطين دادگستري بر نحوه رسيدگي در امور كيفري شد. وقتي آيت‌الله شاهرودي به رياست قوه قضاييه منصوب شدند به فكر آن افتاد كه دادسراها را احيا كند اما احياي دادسرا نتوانست از قدرت ضابطين دادگستري كه طي 10 سال حاكميت دادگاه‌هاي عام قدرت گرفته بودند، بكاهد. در ارديبهشت‌ماه سال 1383 آيت‌الله شاهرودي بخشنامه‌اي خطاب به كليه محاكم عمومي و انقلاب و دادسراها و ضابطين قوه قضاييه صادر نمود و به استناد آن بخشنامه، آنان را مكلف كرد كه در انجام وظايف قانوني خود مواردي را به دقت رعايت و اجرا كنند. ابلاغ بخشنامه مرحوم آيت‌الله شاهرودي فرصت مغتنمي بود كه بايد براي آن ضمانت اجرا ايجاد كرد، مجلس ششم كه به مجلس اصلاحات معروف بود ماه‌هاي پاياني خود را طي مي‌كرد. دوستان حقوقدان از نمايندگان مجلس درخواست كردند كه عين بخشنامه رياست قوه قضاييه را بدون كم و كاست به صورت ماده واحده از تصويب نمايندگان بگذرانند كه به باور من يكي از اقدامات اساسي مجلس ششم در حوزه تصويب قوانين قضايي در عمر مجالس جمهوري اسلامي است، زيرا قوانيني از اين دست كمتر توان اخذ تاييد از شوراي نگهبان را دادند و شوراي نگهبان در موضوع تبديل بخشنامه رياست قوه قضاييه به قانون بالطبع رعايت ايشان را كرد. از تاريخ ابلاغ بخشنامه حفظ حقوق شهروندي كه در تاريخ 15/2/83 به صورت قانون درآمد تا ابلاغ دستورالعمل حفظ كرامت و ارزش‌هاي انساني در قوه قضاييه در تاريخ 22/4/1398 پانزده سال و دو ماه و چند روز مي‌گذرد كه شامل يك دوره 5 ساله رياست آيت‌الله شاهرودي و يك دوره كمتر از 10 سال رياست آيت‌الله لاريجاني است كه آيت‌الله رييسي با توجه به اينكه 12 سال از اين 15 سال را در عالي‌ترين پست‌هاي قوه قضاييه مشغول به خدمت بوده متوجه شده است كه نياز است دوباره دستورالعمل يا بخشنامه‌اي صادر كند و بسياري از ناكارآمدي‌ها و كاستي‌هاي موجود در قوه قضاييه به درستي در اين دستورالعمل آمده است. اگر به بخشنامه قانوني شده آيت‌الله شاهرودي، يعني قانون احترام به آزادي‌هاي مشروع و حفظ حقوق شهروندي توجه مي‌شد، بالطبع نيازي به اين مهم نبود كه آقاي رييسي مجبور شود دستورالعملي مشتمل بر 5 فصل در 33 ماده و هشت تبصره را صادر كند. بخشنامه آيت‌الله شاهرودي در 15 بند بود. جامعيت دستورالعمل آقاي رييسي در دايره گسترده شمول آن است اما اسكلت اساسي و اصلي هر دو يك موضوع واحد است ؛ عدم اجراي قانون به وسيله مجريان آن . در بند 1 قانون احترام به آزادي‌هاي مشروع آمده است كشف و تعقيب جرايم و اجراي تحقيقات و صدور قرارهاي تامين و بازداشت موقت بايد مبتني بر رعايت قوانين يا حكم و دستور مشخص و شفاف صورت گيرد. در بند 2 به موضوع محكوميت‌ها پرداخته كه بايد بر طبق ترتيبات قانوني و منحصر به مباشر شريك و معاون جرم باشد. در ادامه از حق دفاع متهمان و استفاده از وكيل و كارشناس ياد شده است و از رعايت اخلاق و موازين اسلامي در برخورد با اشخاصي كه در مظان اتهام قرار دارند و نيز منع دستگيري و بازداشت افراد در موارد غيرضرور و درجريان بازداشت توسط خانواده متهمان ياد شده است و ممنوعيت ايذاء و اذيت افراد در جريان دستگيري و بازجويي و منع اعمالي مانند بستن چشم و ساير اعضا و تحقير متهمان و همچنين منع بازجويان و ماموران تحقيق از پوشاندن صورت يا نشستن پشت سر متهم يا بردن آنان به اماكن نامعلوم و كلا منع اقدام‌هاي خلاف قانون در بازرسي و معاينات محلي تأكيد شده كه بدون مزاحمت باشد و از تعرض به اسناد و مدارك و اشيايي كه ارتباط به جرم ندارد و افشاي مضمون نامه‌ها و نوشته‌ها و عكس‌هاي فاميلي خودداري و از ضبط بي‌مورد آنها خودداري شود. هر نوع شكنجه به جهت اخذ اقرار ممنوع است و بازجويي‌ها بايد براصول و شيوه‌هاي علمي و آموزش‌هاي فني باشد. پرسش‌ها مفيد و مرتبط با اتهام باشد و در اسرار شخصي و خانوادگي افراد سوال نشود و از گناهان گذشته افراد پرسش نشود، پرسش‌ها و پاسخ‌ها توسط شخص متهم نوشته شود تا بيم تحريف و القا ايجاد نشود، دادسرا و محاكم بايد بر بازداشتگاه‌ها و نيروهاي ضابط نظارت كنند. از دخل و تصرف ناروا در اموال و اشياي ضبطي و توقيفي متهمان اجتناب شود و در نهايت رييس قوه قضاييه هياتي را به منظور نظارت و حسن اجراي موارد فوق تعيين كند. بيش از 15 سال از ابلاغ بخشنامه كه همان زمان به قانون تبديل شد گذشت و آيت‌الله رييسي 12 سال از اين 15 سال را در قوه قضاييه يا معاون اول بودند يا دادستان كشور، در اين مدت متوجه انباشتي از موضوعات بر جا مانده شد و وظيفه شرعي و قانوني خود را در ابلاغ دستورالعملي ديد كه دايره آن بسيار وسيع‌تر از بخشنامه آيت‌الله شاهرودي است...
اما شاكله اصلي دستورالعمل ايشان همان مطالبي است كه در بخشنامه آيت‌الله شاهرودي به عنوان نقص حقوق شهروندي و ضديت با آزادي‌هاي مشروع آمده و كافي است به ماده 4 دستورالعمل توجه شود.
ماده 4 – در نظام قضايي ايران، دادرسي عادلانه مستند به اصول متعدد قانون اساسي جمهوري اسلامي ايران، از جمله اصول 19 و 20 و 22 و 32 و 34 و 39 و 165 تا 169 و برخي قوانين و مقررات است و براين اساس، مراجع قضايي مكلفند اصولي، چون علني بودن محاكمات، قانوني بودن جرم و مجازات، تساوي همگان در برابر قانون و عدم هر گونه تبعيض ناروا، منع بازداشت خودسرانه، حق متهم بر تفهيم اتهام و محاكمه در اسرع وقت و دسترسي به وكيل، منع شكنجه براي اخذ اقرار حق دادخواهي استقلال و بي‌طرفي مرجع قضايي، برابري امكانات دفاع و همچنين حمايت از حيثيت و كرامت ذاتي انسان و حق حرمت و مصونيت جان، مال، حقوق، مسكن و شغل اشخاص را در تمام فرآيند رسيدگي، مقررات قانوني مربوط را رعايت كنند.
طبيعي است تا اشكال و ايراد و نقصي در موضوعي وجود نداشته باشد، نيازي به صدور دستورالعمل نيست. آنچه در ماده 4 دستورالعمل آمده است ايرادات و نواقصي است كه حوزه رياست قوه قضاييه آن را لمس كرده است و مهم‌تر اينكه آيت‌الله رييسي 12 سال از 15 سال فاصله بين بخشنامه حقوق شهروندي تا صدور دستورالعمل حفظ كرامت انساني نفر دوم دستگاه قضايي بوده است و چون نواقص را در عمل ديده در كمتر از 5 ماه از تصدي رياست قوه قضاييه رفع نواقص را با صدور دستورالعمل خواستار شده است، سوال من اين است، آيا بهتر نبود به جاي صدور دستورالعمل حفظ كرامت انساني، اسباب قانوني اجراي قانون آزادي‌هاي مشروع را فراهم مي‌آوردند و با تأكيد بر ضمانت اجراي قوانين موجود دستورالعمل جديدي بر فرامين و بخشنامه‌هاي سابق اضافه نمي‌كردند؟
حضرت امام(ره) در آذر‌ماه سال 1361 فرمان 8ماده‌اي صادر كردند. اين فرمان در زمينه حقوق خصوصي، حقوق بشر و حقوق شهروندي در مقابل حكومت و قدرت كه از آن به عنوان «منشور كرامت انساني» ياد مي‌كنند، نام گرفت، منشوري كه در تمامي موارد به محترم شمردن حقوق افراد و رعايت ضوابط قانوني در برخورد با حقوق شرعي، ديني تأكيد دارد .
در ارديبهشت ماه سال 1380 مقام معظم رهبري هم فرمان مهمي در خصوص مبارزه همه‌جانبه و سازمان‌يافته با مفاسد مالي و اقتصادي خطاب به سران قوا صادر فرمودند و در مقدمه فرمان از قوه قضاييه درخواست كردند با استفاده از كارشناسان، قضات قاطع و پاكدامن، مجرم و خائن و عناصر آلوده را از سر راه تعالي كشور بردارند و كار مبارزه با مشاور چه در دولت و چه در قوه قضاييه را به افراد مطمئن و برخوردار از سلامت و امانت سپرده شود. دستي كه مي‌خواهد با ناپاكي دربيفتد بايد خود پاك باشد و در امر مبارزه با فساد نبايد هيچ تبعيضي ديده شود. هيچكس و هيچ نهاد و دستگاهي نبايد استثناء شود. در آن فرمان تأكيد شد كه به جاي پرداختن به ريشه‌ها و ام‌الفساد‌ها به سراغ ضعفا و خطاهاي كوچك نروند.
در سال 83 هم كه قانون حفظ حقوق شهروندي از دل بخشنامه رييس محترم وقت قوه قضاييه بيرون آمد و هم‌اكنون هم دستورالعمل حفظ كرامت انساني البته جاي تشكر دارد كه اين دستورالعمل حاوي نكات مثبت و نگاه ژرف به نواقص موجود در قوه قضاييه است و اتفاقا راهكار تئوري و عملي هم داده است: به اصول متعدد قانون اساسي كه زمين مانده يا اجرايي نمي‌شود يا قوانين اصلي و مادر مانند قانون آيين دادرسي كيفري بلا‌اجرا مانده است، براي نمونه به بند ج ماده 7 دستورالعمل نگاه كنيم، «... ممنوعيت صدور قرار بازداشت موقت مگر در جرايم موضوع ماده 237 قانون آيين دادرسي كيفري با رعايت شرايط مقرر در ماده 238 همين قانون...» اما پرسش اين است، بازداشت موقت تنها نمي‌تواند مصاديق ماده 237 باشد، وقتي كه قرار متناسب با اتهام نباشد و عجز متهم از توديع وثيقه منجر به بازداشت او گردد، به باور من تفاوتي با بازداشت موقت ندارد. كاش رياست محترم قوه قضاييه در اجراي همين بند از ماده دستورالعمل حفظ كرامت انساني از دادياران ناظر زندان كل كشور درخواست مي‌كرد كه فهرست متهمان بازداشتي در زندان‌ها را كه به علت عجز از توديع قرار در زندان به سر مي‌برند به دفتر رياست محترم قوه قضاييه ارسال مي كردند و با نيم‌نگاهي به قرارهاي صادره و تناسب آنها با اتهام وارده و نيز وضعيت متهم با لحاظ ماده 238 قانون آيين دادرسي كيفري را در نظر مي‌گرفتند.
ماده 238
صدور قرار بازداشت موقت در موارد مذكور در ماده قبل منوط به وجود يكي از شرايط زير است.
الف- آزاد بودن متهم موجب از بين رفتن آثار و ادله جرم يا باعث تباني با متهمان ديگر يا شهود و مطلعان واقعه گردد يا سبب شود شهود از اداء شهادت امتناع كنند.
ب- بيم فرار يا مخفي شدن متهم باشد و به طريقي ديگر نتوان از آن جلوگيري كرد .
پ- آزاد بودن متهم مخل نظم عمومي، موجب به خطر انداختن جان شاكي، شهود يا خانواده آنان و خود متهم باشد.
وقتي قانونگذار در مواردي كه صدور قرار بازداشت موقت را جايز دانسته اجراي آن را منوط به موارد سه‌گانه ماده 238 كرده است، در ديگر موارد اصل اين است كه اگر دسترسي به متهم آسان باشد بازداشت موقت موضوعيت ندارد. طبيعتا اين در مورد قرارهاي سنگين كه باعث شده تعداد زيادي در زندان‌ها تحمل حبس كنند مصداق دارد، كافي است همين خواسته يعني استعلام از دادياران ناظر زندان و توجه به پرونده كساني كه به لحاظ عجز از توديع قرار در زندان هستند، مي‌تواند از تعداد زندانيان تحت قرار بكاهد. سخن آخر اينكه بخشنامه، دستورالعمل يا فرمان با توجه به سابقه تاريخي كه عرض كردم نمي‌تواند موثر در مقام باشد جايي كه قوانين موجود از قانون اساسي تا قوانين مادر ناديده گرفته مي‌شود كاش همين دستورالعمل به صورت قانون درآيد تا امكان استناد به آن در محاكم فراهم شود، درست مانند عملي كه نمايندگان مجلس ششم نسبت به بخشنامه حقوق شهروندي كردند و آن را به قانون تبديل كردند، كاش قوه قضاييه يا نمايندگان مجلس اين دستورالعمل كامل را به قانون تبديل كنند و مهم‌تر اينكه كاش رياست محترم قوه قضاييه اسبات نظارت بر اجراي قوانين را كه قانون اساسي بر عهده ايشان گذاشته است به كار گيرد والا وجود قوانين لازم‌الاجرا در مجموعه قوانين سنواتي دردي از جامعه دوا نمي‌كند، مگر اينكه وظيفه نظارت بر حسن اجراي قوانين كه در اصل 156 قانون اساسي آمده است و جزو وظايف رياست محترم قوه قضاييه است، در عمل اجرا شود.